为适合生物制药专业高职高专特点，我们选用的微生物学教材是以蔡凤为主编的《微生物学》，此教材紧扣职业技术教育，淡化理论推导，加强理论与实际的结合，突出微生物在制药工业中的重要地位，体系简明，知识新颖，在我国现有药剂专业微生物学专科教材中颇具特色，在教学过程中发挥了重要作用，使用效果良好。根据课程教学内容要求，本着教材的先进性、科学性、系统性及适用性的原则，有针对性地引进适当的教材进行合理的取舍，结合新技术、新理论发展要求，自编了《微生物实验实训指导书》，投入使用后，效果良好。
教学过程中，主讲教师非常注重向学生推荐学校图书馆、阅览室与本课程有关的教学参考书和专业期刊杂志；查阅新成果、新资料，向学生介绍学科领域发展的动态，同时向学生推荐相关的书籍和资料，鼓励并引导学生充分利用网上资源，查找微生物学和生物制药方面相关的知识，补充教材内容，提高学生学习兴趣。
本课程为实验和理论学习并重的课程，在教学中除增加实验课学时、改革实验教学方式外，还加强了实验教材建设，在完成统编教材实验教学内容的基础上，增加了适合于专业特色的实验补充和学生自主设计实验部分，并添加了针对实验中原理、过程、结果与讨论、重点及难点而设置的习题和测试内容。
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